Борьба с религией велась на всех фронтах. Огромными тиражами печаталась и распространялась антирелигиозная литература. Священнослужителей обвиняли в том, что они являются эксплуататорами народных масс, приспешниками мирового империализма, выразителями интересов кулачества, противниками коллективизации и других проектов советской власти.Для борьбы с религией была создана всероссийская организация — Союз воинствующих безбожников.
С 1927 года объявлена первая безбожная пятилетка. В 1932 году была запущена вторая. Запланировали «повсеместное искоренение религии», «имя Бога должно было быть забыто в СССР до 1937 г.». Все храмы должны быть закрыты.
Безбожная машина все убыстряла ход. В 1928 году было принято решение считать момент постройки храма - главным критерием, по которому определяли принадлежность «сооружения» к памятникам архитектуры. Сооружения, построенные:
до 1613 г. — были объявлены неприкосновенными;
в 1613—1725 гг. — «в случае особой необходимости» могли подвергаться изменениям;
в 1725—1825 гг. — сохранялись только фасады;
после 1825 г. — к памятникам не причислялись и государством не охранялись.
В 1928 году колокольню разобрали, т.к. возникла опасность ее падения, а храм Покрова Пресвятой Богородицы был закрыт. Вскоре были разобраны барабаны глав, обветшавшие портики.
В 1937 началась, последняя безбожная пятилетка. Окончание её планировалось в 1942 году, все религиозные организации должны были быть уничтожены.
Церкви уже не превращались в храмы «Разума», как в дни Французской революции. В СССР их надо было уничтожить или переделать в «полезном» направлении. Допускалось: гараж, склад, спортзал, клуб, позднее планетарий и т.д.
В частично перестроенном здании храма в середине 1960-х находилась фабрика по изготовлению красителей, затем склад, станция техобслуживания. Находившееся около храма кладбище было полностью срыто.
Плачевное состояние храма Покрова Пресвятой Богородицы в Братцеве привлекло внимание специалистов в 1970-е годы. Был подготовлен проект реставрации. Приступить к ней удалось, однако, лишь в 1990-е годы, когда здание вернули верующим.
Первое богослужение (Всенощное бдение) состоялось 13 октября 1992 года, на котором было совершено малое освящение храма.Храм был повторно освящён в январе 1993 г.
С 1992 по 1993 года настоятелем храма являлся священник Алексий Машков, с 1993 по 1994 – священник Анатолий Гуданов, с 1994 по 2012 – протоиерей Михаил Малеев, с 2012 по 2019 – иерей Димитрий Ефанов.Настоятелем Храма на данный момент является иерей Владимир Тоготин.
Настоятель протоиерей Михаил Малеев вместе с прихожанами восстановили храм
Протоиерей Михаил Малеев был не только священником, но Заслуженным художником РФ. Вот несколько работ отца Михаила.
Отец Михаил занимался с молодыми иконописцами. Кроме того, он собрал коллекцию фотографий и мемориальных вещей, связанных с религиозными подвижниками советских времён.