В 1887 году на церковь в селе Братцево составлялась метрика, из которой становится известно, что четырёхскатная крыша была выкрашена медянкой, что пять глав были покрыты белой жестью и тоже окрашены зелёной краской, а под главами имелись карнизы и пояса из эмалированных разноцветных изразцов, повреждённых в некоторых местах от времени.
Кресты на главах восьмиконечные деревянные, обиты белой жестью и окрашены жёлтой масляной краской. Паперть устроена с двух сторон — с западной и южной. По бокам от входа с западной стороны были вставлены разноцветные эмалированные изразцы «в виде квадратов, но впоследствии повредились и закрашены».
Изразцы на главах и паперти до наших дней не сохранились. Колокольня, построенная одновременно с церковью, и внизу была квадратной, а вверху состояла из двух ярусов восьмигранников, покрытых «шпилем по восьми рёбер, с двумя рядами, один над другим слуховыми окошками».
К концу XIX в. количество прихожан храма увеличилось, что позволило владельцу имения, князю Николаю Сергеевичу Щербатову и представителям церкви обратиться в соответствующие учреждения с ходатайством о перестройке и увеличении тёплого придела Иоанна Златоуста.
Пристроенный в 1887 году с северной стороны новый придел, по проекту архитектора А. А. Латкова, принял «древнерусское» обличье. Придел завершался тремя ярусами кокошников вокруг центральной главы, фасады украшены из известного в XVII в. набора элементов, в виде полуколонн, ширинок, кокошников и прочего. По своим размерам новый придел мало чем уступал основному храму. Трёхчастные апсиды, сильно выдвинутые на восток, и формы притвора также отвечали характеру небольших посадских храмов прошлого.
В 1891 году была заново расписана церковь Покрова Пресвятой Богородицы в стиле XVI века палехскими иконописцами Иваном и Дмитрием Париловыми.
В начале XX в. князья Николай Сергеевич и Эммануил Николаевич Щербатовы, последние владельцы имения, обратились в Археологическое общество за разрешением сноса колокольни, потерявшей, по их мнению, устойчивость. Н. С. Щербатов также предлагал привести фасады главного храма в первоначальный вид и разобрать старую колокольню, а по её чертежам возвести новую у левого придела. Однако Императорская археологическая комиссия выступила против, считая необходимым сохранить колокольню, а древний храм освободить от позднейших пристроек.
К 1913 году из строя вышла система отопления церкви, местами обвалилась штукатурка, крышу стала разрушать ржавчина, а живопись, украшающая здание, повредилась, о чём уведомили Императорскую Археологическую комиссию.
От Общества испрашивалось разрешение на приведение целого ряда работ: «Голландские печи выломать. Храм сделать весь тёплым, а для этого под главным храмом устроить духовую печь, в девяти окнах главного храма сделать новые колоды с двойными рамами, новые входные двери и новый тамбур. Штукатурку внутри и снаружи храма исправить. Окрасить главный храм и придел внутри в тот же цвет.
Живопись в приделе исправить и промыть. Снаружи стены главного храма и колокольню окрасить клеевой краской в тот же цвет, а крышу медянкой. Иконостас главного храма из искусственного мрамора реставрировать, соблюдая его прежний стиль. Резьбу на иконостасе и киотах промыть, а утраченную вновь нарезать и вызолотить. Все иконы в иконостасе промыть и слегка освежить новыми тонами в духе прежней живописи».
Но провести работы, вероятнее всего, помешала Первая мировая война.